2003年に建て替えた麴町学園の校舎は、地上7階・地下1階の、制震構造のビルとなっています。3階から6階まで、建物の中央部分には吹き抜けがあり、各教室の窓も大きく、開放感あふれる雰囲気の下、日々の授業が行われています。7階のスカイスタジオや、地下1階の大築アリーナ・温水プール・作法室など、生徒たちがよりよい環境で学習できるように配慮され設計・建設された校舎です。
第2理科室
化学・物理分野に使用します。化学の実験は危険が伴います。そこで、生徒の実験机が教員実験机と距離が最短になるように設置しました。先生の指導が十分行き届くよう配慮されています。有毒気体の強制排出設備（ドラフトチャンバー）も特長です。
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第3理科室
地学・物理分野に使用します。可動式の実験机が特長。壁には岩石の標本がたくさん収納されています。調べる授業、聴く授業など様々な形に変更できます。パソコンを使用してプラネタリウムのように星の投影を見ることができます。
